2024年12月1日，中国科学技术协会发布了《关于下达中国科技期刊卓越行动计划二期入选项目的通知》，《皖南医学院学报》正式入选高等教育出版社有限公司牵头共建的“中国科技期刊卓越行动计划（二期）”集群（集团）化试点项目（项目编号：B-01），成为中国高校科技期刊与中国工程院院刊集群创始成员刊。
中国科技期刊卓越行动计划二期项目于2024年启动，旨在进一步提升中国科技期刊的学术引领力和国际影响力。该项目共设置五个子项目，包括英文单刊、中文单刊、高起点新刊、高水平办刊人才培育和集群（集团）化试点。
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